תוואי גדר הגבול נקבע לא רק לפי שיקולים ביטחוניים, אלא גם לפי שיקולים מדעיים. במספר מקומות החליט משרד הביטחון להזיז את הגדר לכיוון ישראל לאחר שבמהלך חפירות הצלה ארכיאולוגיות שנערכו בחודשים האחרונים, התברר כי התוואי המתוכנן עלול לפגוע באתרים ארכיאולוגיים. סמוך למחסום נטפים, התגלה כפר ששימש עולי רגל מוסלמים, שצעדו מצפון אפריקה לעיר מכה